Alájar se encuadra en el el lado sur del Parque Natural Sierra de Aracena y  Picos de Aroche; Ubicado en el extremo occidental de Sierra Morena y al norte de la provincia de Huelva,  se caracteriza por poseer una extensa masa forestal, una alta pluviosidad, un clima suave y un patrimonio natural y cultural que despierta la curiosidad y el interés del visitante. Por su ubicación,  Alájar disfruta de  una gran variedad  de paisajes. Su  término municipal  engloba la transición de la sierra más alta y abrupta por el  norte hacia la zona  de suaves dehesas  por el sur. Con  varias riberas que  sirven de enlace  entre ambos  paisajes. La parte norte, lindante con los términos de El Castaño y Fuenteheridos se  caracteriza por una magnífica masa de castañar, salpicado de alcornoques, encinas, pinares y ejemplares sueltos de espino albar o roble andaluz . Un bosque frondoso que en verano mantiene un verdor impropio y desconocido en el resto de la provincia de Huelva cuando más aprieta el calor, y que aquí mantiene unos cuantos grados menos y un frescor perenne.  
La zona media del término, donde se localiza el pueblo y sus aldeas, se caracteriza por la presencia de bosque de ribera. Varios son los cauces que enfilan desde los numerosos manantiales hacia el sur. También podremos cruzarlos por el este hacia Linares de la Sierra y por el oeste hacia Santa Ana la Real. Chopos, sauces, encinas, alcornoques, fresnos y alisos forman magníficas galerías acompañados de un una intensa masa de arbustos formadas por zarzas, olivillas, romero y varias trepadoras. Todos llevan los senderos encajonados de verdor y algunos por abruptos barrancos con miradores sobre los cauces, como en el camino de Los Molinos en la ribera de Alájar.
Ya en la zona sur del término el terreno se hace más suave, aparecen las llanuras de extensas dehesas donde el cerdo de raza ibérica y la cría de vacuno pasta a sus anchas entre amplios encinares y extensiones de praderas despejadas, sólo salpicadas por manchas de retamas y algunas choperas junto a los cauces de los arroyos. Si en otoño el castañar es la estrella de la sierra, en primavera el espectáculo correponde a este amplio paisaje que se muestra esplendoroso con el colorido de las flores sobre el verde intenso de la alfombra de hierba. Podemos acceder a esta zona fácilmente por el carril de la ermita de San Bartolomé, en coche o andando por el propio sendero de Los Molinos. Esta variedad forestal proporciona una interesante riqueza fáunica. En el interior del Parque es posible observar mamíferos como el meloncillo, la gineta o la huidiza nutria.  La avifauna también es diversa; surcando los cielos de este medio natural, se pueden contemplar, entre otros, buitres, milanos, gran variedad de rapaces, garzas, ánades y cigüeñas negras.   ¡¡ NUEVO FOLLETO TURÍSTICO !!